无论是开放性手术或腹腔镜手术治疗精索静脉曲张均有可能发生并发症，主要常见的有：
1.阴囊积液或睾丸鞘膜积液：阴囊水肿和睾丸鞘膜积液是手术后最常见的并发症,发生率在3％～40％之间。目前广泛认为阴囊水肿的机制和淋巴管的损伤有关。与精索动静脉伴行的淋巴管在手术过程中被损伤,导致淋巴液外渗,局部水肿明显,而静脉已被结扎,回流受阻,严重者可发生睾丸鞘膜积液。
2．睾丸萎缩：睾丸萎缩的发生率约为0.2％。睾丸动脉损伤是Palomo术式难以避免的一个方面，主要原因为结扎了睾丸动脉，导致睾丸血供急剧减少，从而发生缺血萎缩。然而多数学者认为在精索内动脉、输精管动脉和提睾肌动脉三者之间存在丰富的吻合支,即使误扎了睾丸动脉,后两支足以提供睾丸足够的血供,不会有严重后果，从目前的文献上看只有偶发的睾丸萎缩的并发症报道
3.神经损伤：在经腹股沟精索内静脉高位结扎术中,可能损伤的神经有髂腹股沟神经、生殖股神经,还有几乎未被提及的精索上神经和精索下神经。精索静脉曲张手术中,经腹腔镜手术过程中生殖股神经损伤的发生率在2％～9％之间,症状表现为大腿前内侧和手术切口前外侧暂时的麻木,一般出现在手术后0～10d(平均3d) ,症状维持平均约8个月。髂腹股沟神经损伤未见有确切文献报道精索上神经和精索下神经是在显微手术过程中被提出,并且有研究指出上述神经的损伤可能导致生精细胞的凋亡。
4.输精管损伤：输精管损伤是精索静脉曲张手术理论上的并发症,因为在手术中,输精管呈白色,触之质地坚韧,管状结构,明显区别于周围的血管等组织的颜色和结构,任何泌尿及男科的医师都能正确辨认,并且加以分离,避免无意钳夹。
5.急性附睾炎：术后出现急性附睾炎与术中结扎或损伤睾丸动脉有关, 因睾丸动脉与精索内静脉伴行, 术中易损伤。损伤后, 使本已处于缺氧、代谢障碍的附睾及睾丸在代偿血管未建立前缺氧进一步加重, 抵抗力进一步降低, 从而易于发生感染。此病患者主要表现为术后5～10天出现患侧阴囊肿胀、触痛、附睾肿大，边界不清，并伴发热。