先天性胃壁肌层缺损的发生胚胎发育异常、胃壁局部缺血及胃内压增高有关，病理主要表现为胃壁肌层缺损，最常见部位为胃大弯处，其具体发病原因及机制如下所述。
一、先天性胃壁肌层缺损发病原因
关于先天性胃壁肌层缺损的病因有如下几种学说。
1、胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，胃壁环肌最早发生，始于食管下端，逐渐向胃底和胃大弯部位发展，在胚胎第9周时出现斜肌，最后形成纵肌。如果在某一阶段出现发育障碍就会导致胃壁肌层缺损。
2、胃壁局部缺血：在围产期呼吸障碍、低体温和低氧血症时，婴儿体内可出现代偿性血液重新分布，使大脑和心脏等重要器官血液供应增加，而胃和肠的血液供应明显减少，使胃肠道发生缺血坏死。
3、胃内压增高：促使穿孔的主要因素。生儿的黏膜下层组织脆弱，弹力纤维欠发达，极易出现胃扩张。如果患儿胃内容物通过延迟，哺乳、吸吮和哭闹时吞下空气，均可使胃内压上升，出现胃扩张，最后导致胃壁肌层缺损处破裂。
二、先天性胃壁肌层缺损发病机制
先天性胃壁肌层缺损病理主要表现为胃壁肌层缺损，最常见部位为胃大弯处，其具体发病原因及机制如下所述。主要病理变化为胃壁肌层缺损，最常见部位为胃大弯，依次为胃前壁、贲门、底部、小弯、后壁、幽门。缺损范围大小不等。缺损处仅有黏膜、黏膜下层及浆膜层。生后任何使胃内压增加的因素，均可使胃内压力突然增加，病变部位向外突出，呈憩室样。压力若不断增高，则影响血液循环，导致肌层缺损的胃壁坏死穿孔。