1.、贫血、低蛋白血症：慢性化脓性骨髓炎病程迁延，长期反复急性发作，低热和窦道内脓性分泌物的排出，对全身将产生慢性消耗性损害。贫血和低蛋白血症是慢性化脓性骨髓炎的常见并发症。这些并发症的存在，进不步降低了全身及局部的抗病能力。对慢性化脓性骨髓炎的治疗更增添了不利因素，从而形成恶性循环。因此，在慢性化脓性骨髓炎的治疗中纠正贫血及治疗低蛋白症甚为重要。
2、全身性淀粉样变：淀粉样变是病理学上组织变性的一种，分全身性与局限性两种。全身性淀粉样变并发于象慢性化脓性骨髓炎这样的长期反复化脓性炎症。病理学表现为全身脏器的细胞间隙、血管基底膜上淀粉样物质的沉积。沉积物实际上是一种蛋白类物质，但具有遇碘变蓝的性质。病变的脏器常发生严重的功能损害。
3、骨不连：病理骨折发生后未进行及时正确的治疗，可发生骨不连。另外，在骨包壳尚未完全形成之前进行手术治疗，摘除大块死骨，亦可造成骨缺损或骨不连。由于局部血循环差，病骨的破坏仍在继续进行，这种骨折愈合十分困难，日久将形成假关节，使整个治疗更加复杂和困难。假关节分两种，一种为接触型，另一种为大块骨缺损型，后者治疗更为困难。
4、化脓性关节炎：干骺端化脓性骨髓炎，脓肿可通过两个途径进入关节腔合并化脓性关节炎。一是通过骺板血管交通支，脓肿穿破关节软骨直接进入关节，形成化脓性关节炎。