近年发现人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者或其患者肝结核发病率显著增加，提示细胞免疫在肝结核的发生发展中占有重要地位。
结核杆菌侵入肝脏的途径有：①肝动脉：为引起肝结核的主要途径。全身血行播散性结核病，或身体任何部位的活动性结核病灶，由于机体免疫力降低，或由于某些局部因素，结核病灶破溃，结核杆菌进入血液循环，经肝动脉进入肝脏。②门静脉：少数肝结核病可经门静脉途径感染。门静脉系统源头的器官或组织结核病如肠结核或肠系膜淋巴结结核病灶中的结核杆菌通过门静脉而侵入肝脏。③脐静脉：胎儿期胎盘结核病灶中的结核杆菌通过脐静脉进入胎儿体内引起先天性肝结核。④淋巴系统：肝内淋巴管直接与腹腔淋巴丛、腹膜后淋巴结相通，故腹腔内结核可经淋巴入肝形成感染灶。⑤直接蔓延：肝脏邻近器官组织的结核病灶可直接侵及肝脏。
肝结核的基本病理变化为肉芽肿。可因侵入的结核菌数量、部位和机体免疫功能状态等因素的差异发展成不同的病理类型。一般可分为：①粟粒型：最常见。为全身血行播散性粟粒型结核的一部分。病变为粟粒大小至2cm，质硬，呈白色或灰白色多发小结节，广泛散布于全肝。此型病情严重，临床诊断困难，多为尸检或剖腹探查时发现。②结节型：较少见。病灶比较局限，形成2～3cm以上、质硬、灰白色的单发或多发结节，甚至融合成团块，酷似肿瘤，又称结核瘤。③脓肿型：结核病灶中心坏死形成白色或黄白色干酪样脓液，可单发或多发，脓腔多为单房，多房少见。④胆管型：肝结核病变累及胆管或脓肿破入胆管形成胆管结核病变，表现为胆管壁增厚、溃疡或狭窄。此型很少见。⑤肝浆膜型：表现为肝包膜发生粟粒性结核灶或包膜增生肥厚形成所谓的“糖衣肝”。较为罕见。