牙齿矫正可能出现的后遗症包括牙根吸收、牙龈萎缩、牙齿松动、颞下颌关节紊乱和复发反弹。规范的矫正治疗可以降低这些风险，但个体差异可能导致不同程度的不良反应。
正畸过程中，牙齿移动可能刺激牙根表面细胞活性，导致牙根长度缩短。轻度吸收通常不影响牙齿功能，严重吸收则可能增加牙齿脱落的风险。治疗期间需定期拍摄X线片监测，出现异常时需调整矫治力度。使用含氟牙膏如氟化钠牙膏可预防根面龋。
矫治器长期摩擦或不当加力可能破坏牙周组织，导致牙龈边缘退缩。表现为牙根暴露、冷热敏感等症状。日常需使用软毛牙刷及牙缝刷清洁，必要时采用牙龈移植术修复。使用医用硅胶正畸蜡可缓解托槽摩擦刺激。
牙齿生理性松动是矫正过程中的正常现象，但过度松动可能伴随牙槽骨吸收。矫正结束后通过佩戴保持器促进牙周组织改建，松动度会逐渐恢复。避免啃咬硬物，使用脉冲式冲牙器辅助清洁。
咬合关系改变可能引发颞下颌关节弹响、疼痛等症状。可通过咬合板调整颌位关系，配合热敷缓解肌肉紧张。急性期可短期使用非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊。正畸方案设计时应评估关节状态，避免过度改变原有咬合。
拆除矫治器后未按要求佩戴保持器是复发反弹的主要原因。建议第一年全天佩戴，后续逐步改为夜间佩戴。透明保持器与哈雷保持器可配合使用，定期复查调整保持力度。复发严重者需二次矫正，如采用舌侧矫治技术。
矫正期间应每4-6周复查一次，出现持续疼痛或异常松动需及时就诊。日常使用含氟漱口水预防龋齿，避免食用粘性食物防止托槽脱落。正畸结束后需终身保持口腔卫生，每年进行牙周检查。选择经验丰富的正畸医师可有效降低治疗风险，矫正前应充分评估牙周健康状况。