甲状腺结节的病因目前尚不完全明确，可能与缺碘、促甲状腺激素分泌过多、自身抗体有关。本病好发于上呼吸道感染者、亲属中患有此病者、妊娠期妇女，可由接触放射性物质、肥胖、过度劳累诱发。
一、主要病因
1、缺碘：缺碘时间较长时，病变发展，扩张的滤泡便聚集成多个大小不等的结节，形成结节性甲状腺肿。
2、促甲状腺激素分泌过多：促甲状腺激素分泌过多时，可引起甲状腺细胞过度增生，形成局限性的结节。
3、自身抗体：TGAb、TPOAb滴度与甲状腺结节发生具有相关性，这些抗体通过参与辅助T淋巴细胞的活化，激活补体和抗体依赖性细胞介导的细胞毒性作用，导致甲状腺细胞破坏。
4、遗传因素：甲状腺结节和各类甲状腺癌的发生可能与某些癌基因、抑癌基因的突变、激活、抑制、缺失等有关。目前，已知多种候选基因参与了甲状腺结节尤其是甲状腺肿瘤的发病﹐如促甲状腺激素(TSH)受体(TSHR)，gsp、ras、ret，营养神经的酪氨酸激酶受体(NTRK)等。
5、先天性甲状腺素合成障碍：甲状腺素合成过程中某些关键酶的基因突变导致的异常，如碘转运障碍、碘化酪氨酸偶联障碍、脱碘酶缺乏等，可出现甲状腺素合成障碍，甲状腺激素不足，反馈刺激垂体促甲状腺激素(TSH)分泌增多，导致甲状腺肿大，长期病程后可伴有甲状腺结节。
6、环境因素：特异性环境因素(如碘缺乏)可引起甲状腺肿大，同时还会影响甲状腺结节的基因型和表型，在促进甲状腺癌的发生中发挥至关重要的作用。
二、诱发因素
1、接触放射性物质：工作环境中存在放射性物质或颈部接受过X线照射者，容易发生甲状腺结节。
2、肥胖：过度肥胖者，其机体内分泌功能可发生一定程度的紊乱，易诱发甲状腺结节的发生。
3、过度劳累：过度疲劳时，机体对外界环境的抵抗力下降，可受到病原体的侵袭，诱发甲状腺结节。
4、性别因素：男性的甲状腺体积大于女性，而女性甲状腺肿和甲状腺结节的患病率显著高于男性，也就是说，当暴露于碘缺乏等危险因素时女性更易于发生甲状腺肿和甲状腺结节。
5、年龄因素：甲状腺结节的患病率随年龄增长而不断增高，其中单发结节的患病率在不同年龄组间无显著差异，而多发结节的患病率随年龄增长不断增高。