胎儿唇裂是一种先天性疾病，其成因主要包括孕期接触不良环境、孕早期滥用药物以及营养缺乏等因素。在怀孕初期，尤其是前三个月，胎儿对环境因素特别敏感，此时若不慎接触到辐射或有毒物质，容易导致胎儿出现唇裂。同样，在这个时期内，如果孕妇滥用某些药物，如抗肿瘤药和安定类药物，也可能增加胎儿唇裂的风险。此外，孕妇体内缺乏维生素A、维生素E及叶酸等营养素，或者长期情绪不稳定，也会影响胎儿正常发育，增加唇裂发生率。
唇腭裂属于先天性发育畸形，口腔颌面部的形成始于胚胎发育第三周，并在第九周时基本完成主要结构。具体来说，唇裂是因为上颌突与球状突未能融合所致；而腭裂则是由于中颌突和侧额突没有正常结合造成的。通常情况下，胎儿的唇腭部至少要到妊娠12至14周左右才能完全闭合。因此，在怀孕三个月时，通过常规检查很难发现是否存在唇腭裂问题。
先天性腭裂的发生与多种因素相关，包括遗传背景、母体营养状况、感染、激素水平变化、特定药物使用、物理刺激以及吸烟饮酒习惯等。值得注意的是，尽管现代医学技术已相当先进，但由于孕妇腹部厚度及胎儿位置等多种因素限制，产前B超检查并不能保证每次都能准确检测出所有唇腭裂病例。为了提高诊断准确性，建议在怀孕20至24周期间进行详细筛查，有时可能需要多次B超才能清晰观察到胎儿颌面部的情况。