新生儿呼吸衰竭可以通过多种方式进行治疗，包括氧疗支持、机械通气、药物治疗、病因治疗及营养支持等。这种状况通常由肺部发育不全、感染、窒息、先天性心脏病或代谢异常等原因引起。
轻中度呼吸衰竭的首选治疗方法是鼻导管或头罩吸氧，以维持血氧饱和度在90%-95%之间。调整氧浓度时需参考血气分析结果，以防氧中毒。特别是早产儿，应使用空氧混合仪精确调控氧浓度，以减少视网膜病变的风险。
对于严重病例，则可能需要无创正压通气或气管插管机械通气。高频振荡通气特别适用于极低出生体重儿，而常频通气模式下则需要注意设置合适的呼气末正压。在整个通气过程中，医护人员会密切监测潮气量和气道压力，以防止如气胸这样的并发症发生。
药物治疗方面，针对新生儿呼吸窘迫综合征，可以采用肺表面活性物质替代疗法，并通过气管内给药；感染性肺炎则常用氨苄西林联合庆大霉素进行抗生素治疗；支气管扩张剂有助于缓解气道痉挛，而严重的肺动脉高压情况下，一氧化氮吸入可能是必要的。
针对特定原因导致的呼吸衰竭，例如先天性膈疝，需要紧急手术修复；对于动脉导管未闭的情况，可以通过药物或手术手段来处理；败血症患儿需接受足够疗程的敏感抗生素治疗；而对于低血糖，则需要持续给予葡萄糖输注；遗传代谢病患者则需特殊配方奶喂养及相应代谢调节治疗。
当婴儿无法通过口腔进食时，可考虑使用鼻胃管或静脉营养支持。推荐的热量摄入量为120-150kcal/kg/d。母乳喂养的婴儿应该添加强化母乳添加剂，选择适合早产儿的配方奶也很重要。实施静脉营养时应注意氨基酸与脂肪乳剂的比例，并定期检查电解质平衡状态。
在整个治疗过程中，保持适宜的环境温度非常重要，同时也要严格执行手卫生措施以预防院内感染。恢复阶段，袋鼠式护理可以帮助促进亲子间的亲密关系。出院后，避免让孩子接触二手烟，按时接种疫苗以预防呼吸道疾病，并定期回访医生进行生长发育评估和呼吸系统的健康检查。