新生儿败血症治愈后复发的概率较低，但仍有几种因素可能导致复发。早产儿免疫功能发育不完善，中性粒细胞吞噬功能及抗体水平较低，即使完成规范抗感染治疗，仍可能因免疫防御能力不足导致病原体再次入侵。这类患儿需定期监测免疫球蛋白水平，必要时进行免疫调节治疗。
抗生素疗程不足或药物选择不当也可能造成细菌未被完全清除。临床要求败血症治疗需持续至症状消失后5-7天，血培养转阴后仍需巩固治疗。若过早停药，残存病原体可能重新增殖引发复发。
部分患儿存在隐匿性感染灶如化脓性脑膜炎、骨髓炎等，这些病灶可能持续释放病原体入血，表现为治疗后的再次发热。需通过腰椎穿刺、影像学检查等排除深部组织感染。
先天性心脏病、气管食管瘘等畸形易导致反复感染。这类患儿在败血症治愈后，仍需优先处理原发病。例如，室间隔缺损患儿需在适当时机进行外科修补，否则仍存在血流感染风险。
出院后喂养不当或环境暴露可能增加复发风险。母乳喂养可提供分泌型IgA增强肠道免疫；家庭需保持环境清洁，避免与呼吸道感染者接触。静脉留置导管等侵入性装置需严格消毒维护。
建议治愈后定期随访血常规及炎症指标，前3个月每2周复查1次。母乳喂养应持续至6月龄以上，补充维生素AD增强黏膜免疫。居家环境需每日通风，接触婴儿前严格洗手。出现体温波动、喂养困难等异常表现时需立即就医。对于极低出生体重儿，可考虑预防性使用免疫球蛋白制剂。注意避免过度使用消毒剂破坏正常菌群，合理补充益生菌维持肠道微生态平衡。