新生儿化脓性脑膜炎可能导致多种并发症，包括脑积水、硬膜下积液、癫痫、智力发育迟缓和听力损伤。这些并发症的发生与感染程度、治疗时机及个体差异有关。
炎症可能导致脑脊液循环通路阻塞或吸收障碍，引起脑室扩张，表现为头围异常增大、前囟饱满隆起。轻度病例可能随感染控制自行缓解，严重者需通过脑室腹腔分流术进行干预。
约30%的患儿会出现硬脑膜与蛛网膜间的浆液积聚，这多因炎症刺激导致脑膜血管通透性增加所致。大部分积液可在3-6个月内自行吸收，持续存在的张力性积液则需要穿刺引流。密切监测头围变化是关键。
脑实质损伤或炎症后瘢痕形成可能诱发异常放电，表现为局灶性或全面性发作。急性期通常使用苯巴比妥等抗惊厥药物控制，远期癫痫发生率约为15%-20%，需要持续脑电图监测和规范化抗癫痫治疗。
严重感染可造成不可逆的神经元损伤，影响认知功能发育，如语言迟缓、执行功能障碍等。早期开展康复训练和营养脑神经治疗能改善预后，2岁前是干预的最佳时期。
细菌毒素侵袭耳蜗毛细胞可能导致听力损伤，发生率达10%-30%。所有患儿出院前应进行脑干听觉诱发电位筛查，确诊后6个月内佩戴助听器或植入人工耳蜗，以最大限度保留语言发育能力。
母乳喂养可以提供免疫球蛋白增强抵抗力，按医嘱补充维生素AD促进神经系统修复。保持环境安静减少声光刺激，定期进行Gesell发育量表和听力复查。避免剧烈摇晃患儿，睡眠时采用侧卧位防止误吸。出现发热、拒奶或异常哭闹时需立即复查脑脊液，警惕复发可能。康复阶段可通过水疗和抚触刺激促进运动功能恢复。