新生儿心脏血管错位手术后，大多数患儿恢复情况良好，但仍存在一些潜在的后遗症风险。这些风险包括心律失常、肺动脉狭窄、心室功能异常、瓣膜反流及神经发育迟缓。
心律失常是术后常见的问题之一，通常表现为窦性心动过速或房室传导阻滞。这些问题与手术过程中对心脏传导系统的干扰有关。轻度的心律失常可以通过动态心电图监测来管理，而严重的情况可能需要安装起搏器。术后一年内定期复查心电图非常重要。
肺动脉狭窄也是可能出现的问题之一，主要由于血管吻合处瘢痕增生导致。这种情况下，孩子可能会出现活动后气促和血氧饱和度下降的症状。通过超声心动图可以明确诊断，对于中度以上的狭窄，可能需要进行球囊扩张或再次手术干预。
手术过程中可能发生的心肌缺血会影响心室收缩力，从而导致心室功能异常。这种情况下的孩子可能会表现出喂养困难和多汗等症状。当心脏彩超显示射血分数降低时，应限制孩子的活动量，并配合营养心肌的治疗措施。
大动脉调转手术有可能损伤主动脉瓣或肺动脉瓣，引起关闭不全，即瓣膜反流。轻微的反流可以观察处理，但如果达到中重度且伴随生长迟缓，则需考虑瓣膜修复手术。
体外循环技术的应用可能会影响脑部供氧，进而影响神经发育，导致运动或语言能力发展滞后。建议从术后六个月开始定期进行Gesell发育评估，对于发现有异常的孩子，应该尽早开展康复训练。
术后护理方面，推荐坚持母乳喂养并补充铁剂以预防贫血，同时避免剧烈哭闹增加心脏负担。保持居住环境空气流通，并注意在术后三个月内避免接种疫苗，因为这段时间内免疫系统较为脆弱。随访检查应当包含心脏彩超、胸部X光片以及发育状况评估，在学龄前每三个月进行一次复查。家长应注意观察孩子是否有口唇发绀、体重增长缓慢等预警信号，一旦发现任何异常应及时就医。日常生活中还应注意不要过度包裹婴儿以免限制呼吸，洗澡时水温不宜超过38℃。