苯丙酮尿症、半乳糖血症、枫糖尿症等遗传代谢病患者需严格避免豆制品摄入，这类疾病因特定酶缺陷导致代谢异常。
苯丙酮尿症是一种常染色体隐性遗传病，由于苯丙氨酸羟化酶缺陷导致苯丙氨酸蓄积。豆类富含苯丙氨酸，食用会加重神经系统损伤。治疗需采用特殊配方奶粉，如PKU安儿宁、美赞臣无苯丙氨酸奶粉，并配合低蛋白饮食控制血苯丙氨酸浓度在120-360μmol/L。
半乳糖血症由半乳糖-1-磷酸尿苷转移酶缺乏引发，导致半乳糖代谢障碍。豆制品含半乳糖苷，分解后产生半乳糖加重肝脑损伤。患者需终身禁食豆类及乳制品，使用纽康特氨基酸配方粉等特殊食品，并定期监测红细胞半乳糖-1-磷酸水平。
枫糖尿症是由于支链α-酮酸脱氢酶复合体缺陷导致亮氨酸、异亮氨酸代谢异常。大豆蛋白含高浓度支链氨基酸，可能诱发代谢危象。治疗需限制天然蛋白摄入，选用MSUD安儿康配方粉，急性期采用血液透析清除毒性代谢物。
遗传性果糖不耐受是由于醛缩酶B缺乏导致果糖-1-磷酸蓄积。豆类含棉子糖等寡糖，分解产生果糖引发低血糖、肝衰竭。患者需避免所有豆科植物，急性发作时静脉输注葡萄糖纠正代谢紊乱。
尿素循环障碍由鸟氨酸氨甲酰转移酶等缺陷引起高氨血症。豆制品植物蛋白增加氨负荷，可能诱发脑水肿。治疗采用精氨酸、苯丁酸钠等降氨药物，配合低蛋白饮食，必要时进行肝移植。
遗传代谢病患者需建立个性化饮食方案，每日蛋白质摄入量精确至克。可选用特殊医学用途配方食品替代常规豆制品，如荷兰纽迪希亚的代谢病系列产品。定期监测生长曲线和血氨基酸谱，在营养师指导下补充维生素矿物质。适当进行游泳、瑜伽等低强度运动促进代谢，避免剧烈运动诱发代谢危象。护理重点在于预防感染和应激，任何发热腹泻都需及时就医调整治疗方案。