腹泻会导致营养吸收不良和食欲减退，进而减少营养摄入，造成各种营养物质缺乏。慢性腹泻尤为严重，可能导致营养不良、贫血及维生素缺乏等问题。长期腹泻还会降低全身抵抗力，增加继发感染的风险，如中耳炎、支气管炎、肺炎、泌尿系统感染、皮肤感染乃至败血症。
腹泻时，身体不仅无法有效从食物中吸收水分和电解质，还会通过肠液形式进一步丢失。若不及时补充水和电解质，会出现不同程度的脱水和电解质紊乱，包括低钠、低钾、低钙和低镁等状况。这些紊乱不仅阻碍疾病恢复，还可能给儿童带来额外痛苦，例如低钾引起的顽固性腹胀或低钙引发的手足抽搐。
由肠道病毒感染导致的腹泻后可能发生病毒性心肌炎。腹泻会削弱儿童抵抗力，使病毒有机会侵入心脏，引发该病。患者可能出现胸闷、胸痛、心悸、头晕和乏力等症状。重症患儿甚至可能因严重心律失常而发生心力衰竭、心源性休克，威胁生命安全。
婴儿常见的急腹症之一是肠套叠，多见于4至10个月大的婴儿。随着年龄增长，发病率逐渐下降。大多数情况下，肠套叠为原发性，仅少数为继发性。由于肠蠕动失去正常节律，肠环肌局部持续痉挛，加上近端肠道剧烈蠕动，痉挛部分被推入远端肠腔内。腹泻与病毒感染是主要诱因，需加以警惕。
营养不良常见于延迟性或慢性腹泻之后。这种情况会进一步削弱儿童抵抗力，使其更易遭受鹅口疮、肺炎、结核病等多种感染。同时，持续腹泻又会加剧营养不良，形成恶性循环。