儿童经常腹痛的原因多样，常见的包括饮食不当、便秘、胃肠炎、肠痉挛以及肠道寄生虫病等。
如果孩子平时经常食用辛辣、生冷、粗糙或坚硬的食物，或是暴饮暴食、饮食不规律，这会增加胃肠道负担，损害消化功能，导致消化不良和频繁腹痛。调整饮食习惯后，孩子的症状通常可以得到缓解，家长不必过于紧张。
儿童由于食物中缺乏膳食纤维、排便不规律等不良生活方式或肠道问题，可能会出现便秘。这会导致粪便排出困难、反复腹痛、食欲不振、大便次数减少及干燥等症状。改善生活习惯并配合治疗，大多数情况下预后良好，家长无需过分担忧。
细菌、病毒、寄生虫感染或药物过敏引起的胃肠炎也可能导致儿童出现腹痛、腹泻、腹胀、恶心和呕吐等症状。积极治疗下预后较好，但若延误治疗，则可能出现贫血或水电解质紊乱等并发症。
腹部受凉、暴饮暴食或剧烈运动等原因可能引发肠痉挛，表现为阵发性腹痛，有时可连续几天反复发作。多数情况下，随着年龄增长，肠痉挛会逐渐好转，父母不必有过多心理负担。
肠道寄生虫病，如蛔虫病或贾第虫病，也会引起慢性腹痛、食欲减退和体重下降等症状。通过合理治疗，绝大多数此类疾病都能治愈，不影响儿童的正常生长发育。
除了上述原因外，某些特定疾病如过敏性紫癜、风湿热或尿毒症等也可能导致儿童慢性腹痛。