三个月大的婴儿遭遇腹泻，这可能源于非传染性因素，比如生理性腹泻或不当的喂养方式。但也有可能是细菌、病毒或真菌感染所引发的病理性腹泻，遇到这种情况，家长应尽快带孩子到医院检查，并遵循医生的指导进行日常生活照顾和必要的药物治疗。
在家庭护理方面，确保宝宝的保暖工作到位，尤其在气候变化时要及时调整衣物，防止腹部受凉恶化病情。母乳喂养的母亲应该保持饮食清淡、易于消化，加入新鲜蔬果如苹果、香蕉、火龙果、黄瓜和西红柿等，为宝宝提供充足营养的同时，不增加肠胃负担。已开始辅食的宝宝，食物应处理得柔软细腻，避免难以消化的食物加剧腹泻。
药物治疗上，若宝宝排便频繁且形状不正常，可按医生建议使用蒙脱石散来减轻症状。消化不良时，可考虑使用双歧杆菌三联活菌胶囊或枯草杆菌二联活菌颗粒调节肠道菌群。遭遇细菌感染性肠炎，可能会用到阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟分散片等抗生素；而病毒感染则需利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦颗粒等抗病毒药物。对于过敏性腹泻的婴儿，识别并避免过敏源至关重要，有时还需根据医生指导使用氯雷他定糖浆等药物。
日常中，鼓励宝宝多饮温水，促进体内排毒。同时，密切留意宝宝的精神状况和体温变化，任何不寻常的迹象都应及时就医，防止病情恶化。