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HPV通过性交损伤的皮肤黏膜到达基底层细胞。由于HPV的型别、存在状态、机体的免疫状态不同而结局迥异。若感染低危型HPV，病毒进入宿主细胞后，其DNA游离于宿主染色体外，HPV在基底层细胞脱衣壳，在分化细胞进行DNA复制，在颗粒细胞合成衣壳蛋白并包装病毒基因组，在角质层细胞出现完整病毒体，当角质层细胞死亡、脱落，释放病毒体，再感染周围正常细胞。病毒体的大量复制刺激上皮细胞增生，因而显微镜下呈现表皮增生、变厚，临床表现为尖锐湿疣。

若感染高危型HPV，其DNA整合到宿主细胞染色体，不能产生完整的病毒体，HPV E6、E7转化基因表达，导致上皮内瘤样变及浸润癌的发生。整合感染时尖锐湿疣的表现常不明显。

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尖锐湿疣目前无法根治，治疗仅为祛除外生疣体，改善症状和体征。尖锐湿疣的多种治疗方法均有复发可能，多在治疗后的3个月内复发，复发率约为25%。治疗后需随访，在治疗后的3个月内每2周随访1次。对反复发作的顽固性尖锐湿疣，应及时取活检排除恶变。

尖锐湿疣经过治疗后症状和体征会有所改善，一般不影响性生活。但妊娠期HPV感染可引起新生儿喉乳头瘤及眼结膜乳头瘤，一般认为是分娩时通过母亲软产道感染。